Si l'avis de la commission doctorale est positif, les services administratifs compétents de l'institution universitaire membre du Collège choisie par le candidat peuvent, sur cette base, inscrire le candidat au doctorat après que ce dernier ait acquitté les droits d'inscription et procédé à la mise en ordre complète de son dossier au plan administratif. Cette inscription sera renouvelée annuellement, moyennant paiement des frais d'inscription au rôle et sous réserve de la réussite de l'épreuve de confirmation dans les délais fixés.
En outre, les candidats détenteurs d'un diplôme de deuxième cycle et/ou d'un certificat de formation à la recherche acquis dans une discipline éloignée de celle dans laquelle ils souhaitent obtenir leur doctorat peuvent se voir imposer par la commission doctorale du domaine de justifier de 60 crédits de cours de niveau Master dans la discipline du doctorat.
Le comité d'accompagnement est constitué du ou des promoteurs et d'au moins deux autres membres dont un provient d'une Université autre que celle où le candidat réalise son doctorant et ne fait pas partie de l'équipe de recherche du ou des promoteurs. Les membres du comité d'accompagnement doivent être porteurs du titre de docteur obtenu après soutenance d'une thèse.
Le comité d'accompagnement guide et conseille l'étudiant, à la fois pour renforcer l'action du ou des promoteurs en ce qui concerne l'orientation des recherches et pour élargir le réseau de contacts scientifiques offerts au candidat. Les membres du comité d'accompagnement doivent être à l'écoute du candidat pour l'aider de façon effective dans ses recherches. Ils s'engagent donc à lui fournir une aide régulière pendant toute la durée de son doctorat. À ces fins, le comité d'accompagnement et le candidat interagissent au moins une fois par an.
Le comité d'accompagnement conseille le doctorant dans l'élaboration de son programme de formation doctorale. Enfin, le comité d'accompagnement évalue la qualité du travail scientifique du doctorant.
À titre de formation doctorale à la communication scientifique, la réussite des épreuves de confirmation, de défense privée et de soutenance publique peut être valorisée à raison de respectivement 5, 10 et 5 crédits.
La formation doctorale s'acquiert au sein d'une école doctorale près le Collège ou d'une école doctorale thématique (Graduate School) agréée par le Collège et conduit au certificat de formation à la recherche visé.
Moyennant accord de la commission doctorale du domaine, cette formation peut aussi s'acquérir, en tout ou en partie, en dehors d'une école doctorale ou école doctorale thématique agréée par le Collège. La commission doctorale du domaine peut valoriser comme élément de formation doctorale l'expérience scientifique acquise par le candidat postérieurement à l'obtention d'un diplôme de deuxième cycle ainsi que toute activité professionnelle exercée par le candidat en rapport avec son sujet de recherche.
Le programme de formation doctorale peut être étalé dans le temps sur l'entièreté du cursus doctoral.
Le doctorant peut se prévaloir de son admission au doctorat pour bénéficier de l'encadrement effectif et personnel de son ou de ses promoteurs et d'un environnement scientifique adéquat.
La perte de la qualité d'étudiant admis au doctorat peut être décidée par la commission doctorale du domaine, sur demande du comité d'accompagnement. Chaque commission doctorale fixe les règles particulières qu'elle applique en cette matière.
Tout conflit entre le doctorant et l'un de ses promoteurs ou son comité d'accompagnement est du ressort de la commission doctorale du domaine concerné, ou, lorsque plusieurs commissions doctorales sont impliquées, de celle désignée comme principale ; les décisions de la commission doctorale du domaine concerné peuvent faire l'objet d'un appel auprès de la commission doctorale du Collège.